กรมทหารพรานที่ 46 ได้รับการจัดตั้งเมื่อวันที่ 1 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ซึ่งเดิมมี 1 กองบังคับการกรม และ 12 กองร้อยทหารพราน ต่อมา ในวันที่ 5 สิงหาคม พ.ศ. 2551 ได้จัดตั้งเพิ่มเป็น 16 กองร้อยทหารพราน[21]

กรมทหารพรานที่ 46 มีที่ตั้งหน่วยปกติอยู่ที่ตำบลกะลุวอเหนือ อำเภอเมืองนราธิวาส จังหวัดนราธิวาส ด้วยเนื้อที่ 150 ไร่ โดยเริ่มก่อสร้างเมื่อวันที่ 4 กรกฎาคม พ.ศ. 2552 และแล้วเสร็จเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2554[21]

ในวันที่ 11 มกราคม พ.ศ. 2554 สิบโท ศักดา พรรณา สังกัดกรมทหารพรานที่ 46 ผู้เป็นอดีตนักคาราเต้ทีมชาติไทย ถูกยิงเสียชีวิตขณะปฏิบัติหน้าที่[22]

วันที่ 5 พฤศจิกายน พ.ศ. 2560 พระเกจิคณาจารย์จากทั่วสารทิศ ได้เดินทางมาร่วมพิธีพุทธาภิเษก ที่วัดเขาลังพัฒนา อำเภอโคกสำโรง จังหวัดลพบุรี ในการหล่อพระบรมรูปจำลองสมเด็จพระนเรศวรมหาราช (พระองค์ดำ) สูง 5 เมตร เพื่อส่งมอบให้แก่กรมทหารพรานที่ 46 ไปประดิษฐานให้ทหารและเจ้าหน้าที่ได้สักการะบูชา[23]

ส่วนวันที่ 10 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2561 ชาโน แพมเบอร์เกอร์ นักแสดงลูกครึ่งไทย–เยอรมัน ได้เข้าเป็นอาสาสมัครทหารพราน ประจำปี 2561[24][25][26]

วันที่ 2 มีนาคม พ.ศ. 2562 หน่วยเฉพาะกิจกรมทหารพรานที่ 46 ได้พบกับคนร้ายประมาณ 4–5 คน ที่บริเวณเชิงเขาในตำบลลาโละ อำเภอรือเสาะ จังหวัดนราธิวาส ซึ่งคนร้ายได้เปิดฉากยิงใส่ จนเกิดการปะทะกันประมาณ 30 นาที ส่งผลให้คนร้ายเสียชีวิต 1 ราย และสามารถยึดอาวุธปืนเอ็ม 16 เอ 2 ได้ 1 กระบอก พร้อมอุปกรณ์ยังชีพหลายรายการ รวมถึงพบรอยเลือดที่คาดว่าคนร้ายได้รับบาดเจ็บอีกหลายราย จึงได้ทำการสนธิกำลังเพิ่มเติม เพื่อติดตามคนร้ายที่เหลือต่อไป[27][28]